Estudió filosofía y teología en el seminario de San Carlos y San Ambrosio y en la Universidad de La Habana. “En 1811, ya sacerdote, ocupó la cátedra de Filosofía de la primera de esas instituciones”.
Varela trascendió épocas por sus importantes aportes en el campo pedagógico y las bases de los ideales independentistas y patrióticos de Cuba. En las aulas del seminario de San Carlos, sembró la semilla del amor a su patria en grandes hombres, entre ellos, Rafael María de Mendive, quien sería después el maestro de José Martí.
Es obligado a emigrar a Estados Unidos en 1823. Allí publica el periódico El Habanero, que se enviaba a Cuba clandestinamente, y redacta, junto a José Antonio Saco, El Mensajero Semanal.
Varela fue el primero en concebir y sentir a Cuba como suya, un patriota que amó a Cuba como a nada más en este mundo.